Introducción a SPM

Este curso le mostrará cómo analizar un conjunto de datos de fMRI de principio a fin. Comenzaremos descargando un conjunto de datos de muestra e inspeccionando las imágenes anatómicas y funcionales de cada sujeto. A continuación, preprocesaremos los datos, lo que elimina el ruido y mejora la señal en las imágenes. Una vez preprocesadas las imágenes, crearemos un modelo que represente lo que creemos que es la señal BOLD, una medida de la actividad neuronal, debería verse así en nuestras imágenes. Durante el ajuste del modelo, comparamos este modelo con la señal en diferentes áreas de la imagen. Este ajuste del modelo mide la intensidad de la señal en diferentes condiciones; por ejemplo, podemos tomar la diferencia de la señal entre las condiciones A y B del experimento para ver qué condición produce una respuesta BOLD mayor.

Una vez creado un modelo para cada sujeto y estimada la respuesta BOLD para cada condición, podemos realizar cualquier tipo de análisis de grupo: pruebas t pareadas, pruebas t intergrupales, interacciones, etc. El objetivo de este curso es calcular un contraste intrasujeto simple entre dos condiciones y comprobar su significancia entre sujetos. También aprenderá a crear figuras que muestren análisis de cerebro completo, similares a las publicadas en revistas de neuroimagen, y a realizar un análisis de región de interés (ROI).

Este curso está diseñado para desarrollar su confianza al trabajar con datos de fMRI, mejorar su dominio de los términos básicos del análisis de fMRI y ayudarle a tomar decisiones informadas en cada paso. Algunos capítulos incluyen ejercicios para ayudarle a practicar lo aprendido y prepararle para el siguiente capítulo. Una vez que domine los fundamentos de este curso, podrá aplicarlos a otros conjuntos de datos de su elección.

Descarga e instalación de SPM

A diferencia de AFNI o FSL, SPM puede ejecutarse en cualquier sistema operativo siempre que tenga instalado Matlab. Matlab es un software propietario bastante caro, pero si eres estudiante o empleado universitario, puedes obtener una copia gratuita. Una vez instalado Matlab, el sitio web de SPM…: `__ contiene instrucciones sobre cómo instalar el paquete de software. Haga clic en el botón “Descargar formulario” para completar algunos datos personales, como su puesto y el uso que le dará al software, lo que le permitirá descargarlo.

Una vez descargado el paquete SPM, colóquelo en su directorio personal. Abra Matlab, haga clic en la pestaña “Inicio” y luego en el botón “Establecer ruta”. Seleccione el directorio “spm12” y haga clic en “Agregar con subcarpetas”. Haga clic en el botón “Guardar” para asegurarse de que la ruta se configure cada vez que abra Matlab y cierre la ventana.

Después de haber establecido la ruta, escriba lo siguiente desde la terminal de Matlab:

spm

Lo cual abrirá la siguiente ventana:

Haga clic en el botón fMRI para abrir la GUI de fMRI de SPM.

Ya está listo para descargar el conjunto de datos Flanker, al que nos referiremos ahora.

Video

Para obtener una descripción general de SPM y cómo descargarlo e instalarlo, consulte este video: `__.