SPM Intermezzo: Cajas de herramientas
Descripción general
Aunque SPM incluye una extensa biblioteca para analizar datos de fMRI, carece de algunas de las herramientas necesarias para análisis más avanzados, como los análisis de región de interés que se tratan en el siguiente capítulo. Para satisfacer esta necesidad, programadores e investigadores han creado extensiones de SPM (también conocidas como cajas de herramientas) que permiten al usuario realizar análisis específicos.
Por ejemplo, la mayoría de los investigadores de fMRI utilizan algún tipo de atlas, o una división del cerebro en regiones funcionales o anatómicas diferenciadas. Los datos de fMRI se pueden extraer de una partición específica, o región de interés, y se realizan estadísticas para determinar si existe un efecto significativo en dicha región. Para crear estas regiones anatómicas de interés, descargaremos e instalaremos la caja de herramientas WFU Pickatlas, un popular generador de atlas y regiones de interés.
Para descargar esta caja de herramientas, haga clic en este enlace`__ y luego haga clic en el botón Descargar (una flecha hacia abajo, justo debajo del menú de selección). Si aún no tiene una cuenta en el NITRC (Laboratorio de Herramientas e Investigación de Neuroimagen, un repositorio de código y herramientas), deberá crear una. Acepte los términos y continúe con la descarga.
Una vez descargada la caja de herramientas, descomprímela y escribe el siguiente código:
movefile ~/Descargas/WFU_PickAtlas_3.0.5b/* ~/spm12/toolbox
Esto moverá todas las carpetas necesarias a la carpeta de la caja de herramientas de SPM12, donde se leerán cada vez que abra SPM.
Ahora abra SPM, haga clic en el menú “Caja de herramientas” y debería ver la caja de herramientas wfupickatlas como una opción.
Instalación de Marsbar
Marsbar es otra herramienta popular de SPM, utilizada principalmente para el análisis del ROI. Para descargarla, haga clic en este enlace.`__ y haga clic en el botón Descargar.
Una vez descargado el paquete, descomprímalo. Desde la terminal de Matlab, navegue al directorio de la caja de herramientas spm12 y cree un directorio llamado marsbar:
cd ~/spm12/caja de herramientas
mkdir marsbar
Y luego mueva los archivos necesarios de la descarga de marsbar a la carpeta marsbar:
movefile ~/Descargas/marsbar-0.44/* ~/spm12/toolbox/marsbar
La próxima vez que abra SPM, debería ver “marsbar” como una opción cuando haga clic en el menú Caja de herramientas.
Video
Para ver una descripción general en video de las cajas de herramientas y cómo instalarlas, haga clic aquí`__.
Próximos pasos
Después de haber instalado las cajas de herramientas WFU PickAtlas y Marsbar, estará listo para realizar un análisis de la región de interés, que abordaremos a continuación.