Tutorial n.º 5 de FreeSurfer: Cómo usar la cuadrícula de ciencia abierta

Restricciones de tiempo con Recon-All

Incluso si puede ejecutar varios trabajos con el comando paralelo, puede que no sea práctico para conjuntos de datos muy grandes, por ejemplo, un estudio que incluya cientos de sujetos. Además, es posible que no desee tener todos sus núcleos de procesamiento ocupados en la ejecución de recon-all y prefiera tener su computadora libre para otros proyectos.

Una opción es usar una supercomputadora, disponible en la mayoría de las universidades. Si no tienes acceso a una, puedes usar una supercomputadora pública alojada por Open Science Grid.: `__, que utiliza núcleos de procesamiento en computadoras ubicadas en más de cien sitios: laboratorios, universidades y otras instituciones. Se puede enviar un comando recon-all a Open Science Grid, que luego se distribuye a uno de los muchos núcleos disponibles. Para la mayoría de los investigadores de imágenes, prácticamente no hay límite en la cantidad de trabajos que se pueden enviar; un lote de cien o doscientos trabajos no es muy grande para los estándares de una supercomputadora, y el lote completo generalmente se puede completar en menos de una semana.

Preparación de sus datos para la Red de Ciencia Abierta

Antes de poder utilizar cualquiera de los recursos de Open Science Grid, debe crear una cuenta `aquí: `__.

También necesitarás el comando fsurf para enviar todos los trabajos de reconocimiento a la supercomputadora Open Science Grid. Para descargar este comando, escribe:

curl -L -o fsurf 'http://stash.osgconnect.net/+fsurf/fsurf'
chmod +x fsurf

Y luego mueva el ejecutable de fsurf a un directorio al que apunte su PATH. Por ejemplo, la mayoría de los sistemas operativos tienen una ruta que, por defecto, apunta al directorio /bin, el mismo directorio que contiene comandos como ls, cd y pwd. Si mueve fsurf a /bin, podrá ejecutar el comando desde cualquier directorio:

sudo mv fsurf /bin

A continuación, cree una lista de todos los temas escribiendo el siguiente código:

ls | grep sub- > subjList.txt

Esto canalizará los resultados del comando ls a un archivo llamado subjList.txt. Luego, usaremos esta lista para crear un bucle for y enviar todos nuestros trabajos de recon-all a la supercomputadora Open Science Grid.

Envío de trabajos de Recon-All

Open Science Grid tiene un sistema particular en cuanto al modo en que se envían los trabajos: cada imagen anatómica debe empaquetarse de una manera determinada, tal como se deben empaquetar los artículos cuando se dejan en la oficina de correos.

Primero deberá ejecutar recon-all en sus imágenes anatómicas, omitiendo la opción -all. Esto creará una serie de directorios y luego convertirá la imagen anatómica al formato .mgz y la colocará en el directorio mri/orig. El siguiente código puede copiarse y pegarse en la terminal o copiarse en un script de shell y ejecutarse con tcsh:

para cada sujeto (`cat subjList.txt`)
      cd $subj/ses-BL/anat
      if (! -d $subj ) then #Si el directorio FS no existe, entonces ejecute recon-all
              recon-all -s $subj -i *.nii.gz -sd .
              #zip los directorios de FreeSurfer, para que puedan enviarse a fsurf
              zip -r $subj.zip $subj
              cd ../../..
      demás
              echo "La carpeta FreeSurfer para $subj ya existe; si desea volver a ejecutar recon-all para este sujeto, elimine la carpeta y vuelva a ejecutar este script".
              cd ../../..
      fin si
  fin

Una vez finalizado, puedes enviar los trabajos usando fsurf. En este ejemplo, he colocado fsurf en un bucle for:

para cada sujeto (`cat subjList.txt`)
      cd $subj/ses-BL/anat
      fsurf submit --subject=$subj --input=$subj.zip --defaced --deidentified --version 6.0.0 --freesurfer-options='-all -qcache -3T'
      cd ../../..
fin

El estado de los trabajos se puede consultar escribiendo “fsurf list”. Esto mostrará varias columnas en la pantalla. La primera columna corresponde al nombre del sujeto, la segunda al ID del sujeto asignado por la supercomputadora Open Science Grid y la penúltima especifica si el trabajo está en ejecución, se ha completado o ha fallado. Revise periódicamente el estado de estos trabajos para ver cuáles se pueden descargar.

Descargar o eliminar trabajos

Una vez finalizado recon-all, puedes descargar la salida escribiendo este código:

Salida de fsurf --id

Donde «subjID» es el código de identificación asignado por la supercomputadora. Es el número en la segunda columna de la salida del comando «fsurf list». Los datos descargados tendrán la extensión .bz2; puede descomprimirlos escribiendo «tar xvjf».: , reemplazando ``subjName con el nombre del conjunto de datos descargado.

Por otro lado, si deseas eliminar un trabajo en cualquier momento y por cualquier motivo, puedes hacerlo escribiendo:

fsurf eliminar --id

subjID se encuentra de la misma manera que arriba.