Apéndice B: PETSurfer
Descripción general
- Esta sección contiene algunas notas sobre cómo ejecutar PETSurfer, un conjunto de herramientas dentro del paquete FreeSurfer.
`__. En otras palabras, si ya has descargado e instalado FreeSurfer, podrás usar PETSurfer.
Si ha recopilado datos de Tomografía por Emisión de Positrones (PET), también necesitará una imagen anatómica del mismo sujeto. Los siguientes pasos segmentarán la imagen PET, la corregistrarán con la imagen anatómica y, a continuación, aplicarán la corrección de volumen parcial (CVP). El último paso, la CVP, es necesario para evitar los efectos de volumen parcial (EVP), en los que un solo vóxel puede contener señales de múltiples tipos de tejido o diferentes circunvoluciones. Sin ella, no sería posible determinar si la señal medida en el vóxel proviene de la sustancia gris, la sustancia blanca o una combinación de ambas.
Preparación de los datos: ejecución de recon-all
El primer paso será reconstruir la imagen anatómica con recon-all. Las instrucciones para hacerlo se encuentran en este capítulo. Dondequiera que esté ejecutando el análisis con su imagen anatómica, asegúrese de navegar a ese directorio y apuntarlo con SUBJECTS_DIR.
SUBJECTS_DIR=`pwd`
recon-all -s T1_ANAT -i T1_ANAT.nii.gz -todos
- Esto tardará unas horas en procesarse, dependiendo de la velocidad de su ordenador. Una vez finalizado, asegúrese de ejecutar las comprobaciones de calidad descritas en este capítulo.
`.
Segmentación de los datos
Si la imagen anatómica reconstruida parece satisfactoria, puedes segmentarla usando gtmseg:
gtmseg --s T1_ANAT
Esto tardará aproximadamente una hora. Al finalizar, verá una nueva imagen llamada gtmseg.mgz ubicada en la carpeta T1_ANAT/mri. Puede verla en Freeview escribiendo:
freeview -v T1_ANAT/mri/gtmseg.mgz:colormap=lut
Esto mostrará la imagen anatómica segmentada con el mapa de colores “lut” (tabla de consulta) superpuesto. Al pasar el ratón sobre los diferentes colores, se mostrará cuál corresponde a cada segmentación.
Registro de los datos PET en la imagen anatómica
Tiene tres opciones para corregistrar sus datos: si solo tiene una imagen PET, úsela como plantilla. Si, por el contrario, tiene varias imágenes PET, puede promediarlas para crear una plantilla o extraer una sola imagen. En este tutorial, utilizaremos el método de una sola imagen:
mri_convert PET.nii.gz --marco 0 plantilla.nii.gz
Y luego usa esto para el registro conjunto:
mri_coreg --s T1_ANAT --mov plantilla.nii.gz --reg plantilla.reg.lta
El registro conjunto se puede comprobar con tkregisterfv:
tkregisterfv --mov plantilla.nii.gz --reg plantilla.reg.lta --surfs
Debería ver un contorno claro del límite entre la materia gris y la materia blanca, resaltado en amarillo:
